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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消马来西亚足球网第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

任意球 任意球分两种：直接任意球（这个球可以直接射入犯规队球门得分）马来西亚足球网及间接任意球（发球队员不得直接射门，必须在其他队员触碰后才能射门）。

小组赛 小组赛共有32队参加，均分为八组，每组各有2支种子队，以双循环形式进行，每场胜方得3分，平局各得1马来西亚足球网分，负方得0分，小组前两名晋级十六强。